FC3-bio
Bio-informatique – Calendrier

Analyse des données RNA-seq sous l'environnement GALAXY


Informations

Public concerné
Biologistes (Chercheurs, ingénieurs, étudiants) ayant en projet ou en cours des expériences de RNA-seq ou ChIP-seq.


Pédagogie
Effectif maximum : 15 Personnes
Remise de support de cours
La formation sera sanctionnée par une attestation de formation.
Stage à 50% pratique
Chaque auditeur disposera d'un poste informatique individuel pendant la formation


Session
15 & 16 novembre 2016, Lyon
16 & 17 novembre 2017, Lyon
Lieu : PRABI - Lyon
Les repas sont pris en charge par Fc-3Bio


Durée
2 journées - 14 heures


Intervenant
Dr. G. Perrière
Dr. C. Oger
Dr. C. Deschamps


Frais pédagogiques
1200 € HT
Auditeurs académiques : 1050 € HT


Référence module
Ref BIF-14B

Objectifs

  • Acquérir les connaissances générales sur les méthodes de séquençage à haut-débit.
  • Connaître les caractéristiques des données obtenues dans le cadre de l’analyse du transcriptome (RNA-seq).
  • Savoir planifier une expérience simple de type RNA-seq en fonction de ses objectifs scientifiques et des caractéristiques et contraintes expérimentales.
  • Connaître les principales méthodes et outils d’analyse des données RNA-seq . Pouvoir les mettre en oeuvre dans un cas simple via un serveur web Galaxy.
  • Pouvoir visualiser les résultats dans un navigateur de génome.

Programme

Théorie - Introduction générale, Caractéristiques des données de séquences
> caractéristiques des jeux de données de séquences (454, Hiseq/MiSeq, IonTorrent, PacificBiosciences)
> présentation générale des problématiques de calcul et de stockage de données NGS
> formats de fichiers
> analyse qualité
> base de données Short Read Archive


- Pratique - Récupération des données, Analyse qualité


Théorie - Introduction à Galaxy
> Présentation de l’interface web de Galaxy
- Vue d’ensemble des outils d’analyse de données NGS disponibles sous Galaxy
- Introduction à la création et au partage de Workflows/ “Chainage de Tâches” sous Galaxy
> Présentation de l’instance Galaxy du PRABI - (support informatique des TD et guichet de services)


Théorie - RNA-seq Objectifs, Plan d'expérience et Analyse de Données
> Transcriptions procaryote, euracyote

> Objectifs biologiques
- annotation, mesure de l’expression (analyse différentielle), recherche des isoformes d'un gène et quantification, recherche de variants SNP...

> Acquisition expérimentale
- Choix techniques expérimentaux en fonction des objectifs (longueurs des séquences, profondeur de séquençage, déplétion des ARN ribosomiques, séquençage orienté...)
- Importance du plan d'expérience


> Alignement des séquences sur un génome de référence
- sans épissage (Bowtie), principe, format de fichiers
- avec épissage (Tophat, STAR...)
- analyse qualité des alignements
- visualisation (navigateur UCSC, IGV)

> Quantification et Analyse différentielle
- attribution des lectures aux gènes ou aux transcrits et quantification (htseq, cufflinks)
- notion de RPKM
- notions de statistiques utiles pour les analyses de données de séquences haut-débit
- analyse différentielle de l'expression des gènes (normalisation, DESeq2, tests multiples )

> Sans génome de référence : assemblage de novo de trancriptome
- présentation de Trinity : assemblage de transcrits
- présentation de KisSplice : assemblage local, recherche de variants d'épissage, de SNP, analyse différentielle et visualisation (UCSC)


Pratique - RNA-seq - Expression différentielle
> pipeline tophat / cufflinks
> pipeline tophat / htseq / DEseq, edgeR


Pratique - RNA-seq sans génome de référence
> Trinity
> KisSplice, KissDE



  • Ecotip

  • Ecotip

  • Ecotip

  • Ecotip

  • Ecotip

  • Ecotip


Équipement


Équipement

  • 25 personnes
  • Nombre de salles
  • Wifi
  • Machine à café
  • Parking
  • Vidéo-projecteur

À proximité

  • Métro
  • Restaurant



À propos de FC3 bio

Fc-3Bio est la marque de formation continue de la société Biosciences & Co qui propose par ailleurs du conseil, et de l’accompagnement à la R&D dans le domaine des biosciences. Nos formations en Biosciences peuvent être animées en intra entreprise à la demande. Pour la partie conseil, vous trouverez l’ensemble de nos services sur le site de Biosciences & Co.